문재인 대통령이 국가조찬기도회에 불참한 것과 관련해 보수 기독교계 일각에서 불만의 목소리가 나오는 가운데, 한국교회연합이 입장문을 내고 "국가조찬기도회는 대한민국의 안녕과 국가지도자들을 위해 하나님께 기도하는 것이 목적"이라며 대통령의 참석 여부를 정치적으로 확대 해석하지 말 것을 주문했다.
한국교회연합은 "대통령이 기도회에 참석하지 않은 것은 안타깝다"면서도 "대통령이 참석하지 않았다고 해서 '기독교 패싱'이라며 감정적으로 반응하는 것은 결코 옳은 일이 아니다"라고 밝혔다.
한국교회연합은 또, "국가조찬기도회는 기독교의 위세를 세상에 과시하거나 정치에 개입해 이익을 취하고자 하는 목적이 아니라며 나라와 민족을 위한 순수한 기도회의 전통은 존중되어야 하고 한국교회는 국가 위정자를 위한 기도를 멈추지 않을 것"이라고 덧붙였다.